Softwares

Main software tools developed by MaIAGE

This page lists the main software tools developed by MaIAGE. An exhaustive list of our software tools can be found in the "All software packages" submenu.

  • Agmial est une chaîne d'annotation de génomes bactériens qui s'appuie sur un certain nombre d'outils développés au laboratoire(SHOW, Prose,Pareo,...). Agmial est actuellement utilisé pour l'annotation ou la réannotation de plus d'une dizaine de génomes. Le logiciel est distribué sous licence GPL.

  • Alvis NLP/ML est une chaîne de traitement pour l'annotation sémantique de documents textuels, intégrant des outils de traitement automatique des langues naturelles pour la segmentation en mots/phrases, la reconnaissance d'entités nommées, l'analyse de termes, le typage sémantique et l'extraction de relations. Ces outils exploitent des ressources externes, comme des terminologies ou des ontologies. AlvisNLP/ML propose plusieurs outils pour l'acquisition (semi)-automatique de ces ressources, fondées sur des techniques d'apprentissage automatique. La chaîne est facilement configurable et extensible par ajout de nouveaux composants. Ce travail a été partiellement financé par le projet européen Alvis et le projet Quaero. Voir Nédellec et al., Handbook on Ontology, 2009.

  • (Alvis Annotation Editor) est un éditeur d'annotation en ligne. Il permet de visualiser et d'annoter les entités et les relations d'un texte. Il inclut des fonctions de gestion de campagne d'annotation. Il permet d'annoter les entités par les concepts d'une ontologie et de réviser l'ontologie en parallèle. Il est intégré à AlvisNLP. Ce travail a été partiellement financé par le projet Quaero. Voir LAW VI paper pour plus de détails.

  • BiPSim is a flexible and generic stochastic simulator of bacterial cellular processes, distributed under the GNU GPL licence. This work has been funded by the Lidex-IMSV.

  • Calculation of the Integrated flow of Particles between Polygons.
    CaliFloPP is a software that calculates flows of particles between pairs of polygons, when given a so-called individual dispersal function. The individual dispersal function describes the particle dispersion between pairs of points, and CaliFloPP deduces the total flow between pairs of polygons using an integration algorithm.

  • Matlab package for parametric identification, model comparison and optimal sequential sampling of experiments of complex microbiological dynamic systems by nonlinear filtering.

  • planor is a R package dedicated to the automatic generation of regular fractional factorial designs with one or several block systems.

  • R'MES is a set of C++ programs dedicated to the identification of statistically unexpected motifs in biological sequences (DNA, protein). R'MES is a free software package available under the GNU General Public License. It can be downloaded from https://mulcyber.toulouse.inra.fr/projec ts/rmes/. Tutorial and user guide are available on the R'MES homepage.