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Anciens.nes post-doctorants.tes
CHAMPION Camille : du au
Reconstruction de réseaux microbien robustes
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland - Equipes : Migale, - Equipes : StatInfOmics
LAO Julie : du au
Développement d'un outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs dans les génomes de Firmicutes
Encadrant(s) : Hélène Chiapello - Equipes : StatInfOmics
LIPEZ-ZAZUETA Claudia : du au
Analyse de stabilité de systèmes métaboliques singulièrement perturbés
Contrat : FMJH - bourse jeune mathématicien - Equipes : BioSys
Description :
Il s'agit ici d'aborder différentes questions liées à la stabilité des réseaux métaboliques présents dans les bactéries, en intégrant explicitement les aspects touchant à la régulation génétique. Sur la base d'une modélisation de type ODE, il s'agit de tirer parti de la structure spécifique du système dynamique pour étudier ses propriétés qualitatives, comme, par exemple, l'existence de point d'équilibre et de leur stabilité, etc. En effet, ces systèmes dynamiques peuvent être décomposés en sous-systèmes qui ont des dynamiques à des échelles de temps bien différentes. En dépit de cette propriété forte, il n'est généralement pas possible d'utiliser les résultats classiquement appelés pour traiter des systèmes multi échelle. En effet, la dynamique la plus rapide, celle attachée aux réactions enzymatiques, n'est généralement pas stable (cette partie du système est a priori oscillante). L'objet de ce travail est donc de développer une approche permettant de traiter cette première difficulté et de l'étendre progressivement d'une voie au réseau global. Ce travail profitera des modèles qui sont disponibles au sein de BioySys, en particulier celui de Bacillus subtilis.
MOMAL Raphaëlle : du au
Reconstruction de réseaux microbien robustes
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland - Equipes : Migale, - Equipes : StatInfOmics
GARNAULT Maxime : du au
Étude de l'évolution des résistances aux fongicides chez Zymoseptoria tritici
Encadrant(s) : Anne-Sophie Walker (Bioger), Florence Carpentier (MaIAGE), Olivier David (MaIAGE) - Equipes : Dynenvie
MOREL-JOURNEL Thibault : du au
Modélisation en épidémiologie et analyse de réseaux
Encadrant(s) : Pauline Ezanno (BIOEPAR, INRA-Oniris, Nantes) et Elisabeta Vergu (MaIAGE, INRA)
Contrat : Sant'Innov (coord. N. Bareille et F. Beaugrand, BIOEPAR, Nantes) - Equipes : Dynenvie
Description :
Thibault effectue son post-doctorat au sein de l'unité BIOEPAR à Nantes, en collaboration avec l'équipe Dynenvie.
FERRE Arnaud : du au
Normalisation de termes par des concepts
Encadrant(s) : Louise Deléger, Robert Bossy, Claire Nédellec
Contrat : Visa TM, OpenMinTeD, OntoBeddings - Equipes : Bibliome
Description :
Développement d'une méthode semi-supervisée pour étiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La méthode génère par word embeddings des représentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sémantiquement structuré par l'ontologie du domaine. Ces vecteurs sont plongés dans l'espace vectoriel construit à partir de la structure de l’ontologie. Le plongement est obtenu par entraînement d’un modèle. Le calcul de distance entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts détermine ensuite l'étiquetage ontologique des termes.
HODARA Pierre : du au
Analyse du trafic intra-cellulaire d'endocytose Ă partir d'observations en microscopie LLSM
Encadrant(s) : Béatrice Laroche (MaIAGE), Alain Trubuil (MaIAGE)
Contrat : ANR Dallish - Equipes : BioSys
DAHMANE Narimane : du au
Analyse méta-transcriptomique d'un biofilm modèle
Encadrant(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE, INRA), Stéphane Aymerich (MICALIS,INRA)
Contrat : ANR ACToP (coord. Nelly Henry, UPMC) - Equipes : StatInfOmics
COLUZZI Charles : du au
Conception et mise en œuvre de stratégies bioinformatiques pour l’analyse du contenu de génomes de salmonelles
Encadrant(s) : Hélène Chiapello
Contrat : Projet Européen SalHostTrop - Equipes : StatInfOmics
BA Mouhamadou : du au
Text-mining infrastructure
Encadrant(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire Nédellec (MaIAGE, Inra)
Contrat : OpenMinTeD - Equipes : Bibliome
Description :
Contribution to the specification and development of the OpenMinTeD text-mining infrastructure starting from Alvis Suite principles (mainly WP5 and WP9)
SALVI Michele : du au
Dynamiques de populations et épidémies sur grands graphes aléatoires
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE, INRA), Vincent Bansaye (CMAP Ă l'Ecole Polytechnique)
Contrat : Cadence - Equipes : Dynenvie
DESLANDES François : du au
CJS-Post-Doc au sein de l'Unité Génial puis de 6 mois à la KU de Leuven en Belgique (Modélisation multi-échelle d'une suspension d'amidon dans une échangeur de chaleur)
Encadrant(s) : A. Trubuil et B. Laroche - Equipes : Dynenvie
CHAIX Estelle : du au
OpenMinTeD Text-mining Use Cases on Plant Biology and Microbial Biodiversity
Encadrant(s) : Claire Nédellec (MaIAGE, INRA)
Contrat : OpenMinTeD - Equipes : Bibliome
Description :
Contribution to the requirement analysis, specification and development of the use cases Agriculture and Biodiversity scenario of the Text-Mining infrastructure OpenMinTeD H2020 project (WP4 and WP9 mainly).
DESSALLES Renaud : du au
CJS Post-Doc au département de Biomathématiques de l'Université de Californie, Los Angeles (EU)
Encadrant(s) : V. Fromion - Equipes : BioSys
RABIET Victor : du au
Méthodes statistiques pour la prédiction de variables à partir d'un modèle dynamique. Application à la prédiction d'interaction génotype-environnement à partir de données de phénotypage et d'un modèle écophysiologique de la plante.
Encadrant(s) : Kuhn Estelle (MaIAGE), Monod Hervé (MaIAGE)
Contrat : Projet AMAIZING - Equipes : Dynenvie
KARMAKAR Saurav : du au
Text-mining infrastructure
Encadrant(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire Nédellec (MaIAGE, Inra)
Contrat : OpenMinTeD - Equipes : Bibliome
Description :
Contribution to the development of the OpenMinTeD European text-mining infrastructure and Alvis Suite deployment.
FISCHER Stephan : du au
Développement d’un modèle systémique multi-échelle de la plante
Encadrant(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)
Contrat : IMSV - Equipes : BioSys
HENRY Vincent : du au
Développement d’une ontologie associée à la représentation systémique des cellules eucaryotes
Encadrant(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)
Contrat : IMSV - Equipes : BioSys
BEAUNEE Gaël : du au
Modélisation multi-échelle, de l'intra-hôte animal à la métapopulation, des mécanismes de propagation d'agents pathogènes pour évaluer des stratégies de maîtrise.
Encadrant(s) : E. Vergu (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
Contrat : Mihmes - Equipes : Dynenvie
BENSADOUN Arnaud : du au
Analyse de sensibilité et métamodélisation d'un modèle mécaniste complexe décrivant les effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice.
Encadrant(s) : Jean-Pierre Gauchi (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Equipes : Dynenvie
Description :
Ce travail sera centré sur le modèle FLORSYS de dynamique pluri-annuelle de la flore adventice, qui a pour objectif d'aider au développement de nouvelles stratégies de gestion des adventices. D'un point de vue méthodologique, il nécessitera de mettre en place des méthodes nouvelles pour le traitement d'entrées dépendantes.
Cette première phase de post-doc sera suivi par un séjour de longue durée (1 an) au James Hutton Institute (Dundee, Ecosse), et se terminera par un retour au sein de l'Unité MaIAGE.
Plus d'infos sur:Â http://genome.jouy.inra.fr/~abensadoun/
LEGER Jean-Benoist : du au
Méthodes Statitstiques pour la prédiction de variables à partir dun modèle dynamique
Encadrant(s) : Hervé Monod (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Estelle Kuhn (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
Contrat : Projet Amaizing - Equipes : Dynenvie
Description :
Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable : une approche intégrée de la génomique à la sélection.
SUEZ Marie : du au
Domestication du poulet (projet Domestichik)
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Pierre Laurent (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Equipes : StatInfOmics
ARCA Mariangela : du au
De la génomique du genre Gallus à l'histoire de la domestication du poulet
Encadrant(s) : M. Mariadassou - Equipes : StatInfOmics
Description :
Le projet domestichick a pour ambition d'étudier l'histoire évolutive du genre Gallus et plus particulièrement les mécanismes à l'oeuvre lors de la domestication de Gallus gallus (poule domestique) par des approches de reséquençages. Dans ce cadre le travail du post-doc consiste à faire de la bioanalyse de données de séquençage pour étudier la structure des populations de poules et détecter des introgressions de matériel génétique issu de poules sauvages dans le génome de la poule domestique, à l'exemple du gène de peau jaune.
CHAIX Estelle : du au
Annotation manuelle d'un corpus pour l'entrainement de méthodes informatiques d'extraction d'information
Encadrant(s) : Claire Nédellec
Contrat : Lidex CDS - Center for Data Science, Paris-Saclay - Equipes : Bibliome
Description :
Annotation de régulations génétiques chez l'arabette :
Le projet vise à organiser une des tâches d’extraction d’information (EI) de la prochaine édition de la Shared Task” de BioNLP en 2015 sur le thème “Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana”. Il mobilise trois laboratoires de l’IDEX : MIG (INRA) et le LIMSI (CNRS) du CDS, et l’IJPB (INRA) du Labex SPS (Saclay Plant Data Science) et de l’IMSV.
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FERRER SAVALL Jordi : du au
Modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine
Encadrant(s) : Caroline BIDOT, Catherine BELLOC (UMR1300 BioEpAR, Oniris & INRA, Nantes), Suzanne TOUZEAU (UMR1355 ISA, INRA & BIOCORE, Inria, Sophia Antipolis)
Contrat : Mihmes - Equipes : Dynenvie
Description :
Le projet MIHMES vise à produire des connaissances et des méthodes pour la gestion des maladies animales infectieuses endémiques et des risques en santé publique vétérinaire. Dans ce cadre, ce travail post-doctoral s'intéresse à la modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine (de l'élevage à l'abattoir). Ses objectifs sont les suivants :
  - représenter la contamination des carcasses en sortie d'abattoir en fonction des sorties d'élevage;
  - représenter les mesures de contrôles de l'élevage à l'abattoir permettant de réduire la contamination des carcasses;
  - réaliser une analyse coûts-bénéfices de ces mesures de contrôles.
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DERGAOUI Hilel : du au
Simulation numérique et expérimentation virtuelle pour des modèles d'épidémiologie végétale sur paysages spatialement explicites
Encadrant(s) : Hervé Monod, Christian Lannou (BIOGER, INRA, Versailles-Grignon)
Contrat : GESTER - Equipes : Dynenvie
LI Yingbo : du au
Analyses d'images
Encadrant(s) : Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas) - Equipes : BioSys
CRISCUOLO Alexis : du au
Evolution clonale et recombinaison homologue chez Propionibacterium freudenreichii
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou , Valentin Loux , Pierre Nicolas
Contrat : SURFING - Equipes : StatInfOmics
Description :
Propionibacterium freudenreichii est une espèce bactérienne souvent utilisée pour la fermentation des produits laitiers. Dans le cadre du projet ANR SURFING, plusieurs génomes de ces bactéries ont été séquencés, assemblés, alignés et annotés. Une analyse plus fine de ces séquences étant nécessaire pour mieux comprendre les événements évolutifs qui ont façonné la diversité de cette espèce d'intérêt agronomique, une étape indispensable passe par l'inférence d'un arbre phylogénétique robuste modélisant l'histoire évolutive clonale de ces souches hautement recombinantes. Basé sur le développement de nouvelles méthodes d'inférence phylogénomique, cet arbre clonal servira de support pour caractériser les mécanismes évolutifs (recombinaison homologue, sélection positive, transferts ou pertes de gènes) ayant conduits à la diversité des souches actuelles de P. freudenreichii.