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Liste des stages précédents
BAILLIE Nils : Etude comparative de lois a priori bayésiennes pour la sélection de variables dans les modèles non linéaires à effets mixtes - M1 - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Maud Delattre / Guillaume Kon-Kam-King - Equipe(s): Dynenvie /StatInfOmics
GIRARD Nicolas : Modélisation et estimation statistique pour l'analyse de la variabilité de la réponse au virus de la sharka chez l'abricotier. - M1 - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Maud Delattre / Estelle Kuhn - Equipe(s): Dynenvie
TRAORE Mamadou B : Effet des protiques et du paysage sur la co-occurence des maladies des cultures au sein des agro-écosystèmes céréaliers - 3ème année école ingénieur - Institut agro Dijon : du au
Encadrant(s) : Florence Carpentier - Equipe(s): Dynenvie
VASQUEZ REINA Luis Antonio : Classification automatique de documents pour la surveillance épidémiologique en santé végétale - M2 - Université du Pays Basque, Valence, Espagne / Université de Lorraine, Nancy : du au
Encadrant(s) : Robert Bossy - Equipe(s): Bibliome
Lemonde Roman : Allocation des ressources: aspects dynamiques - L3 - L3 au département de mathématiques de l'ENS-ULM (fillière Math/biologie) : du au
Encadrant(s) : Vicent Fromion - Equipe(s): BioSys
GBABOUA Cassandra : Identification des DGAT3 dans un set de génomes : du au
Encadrant(s) : Anne-Marie le Coq (IJPB), Gwenaëlle André - Equipe(s): StatInfOmics
CARTIER Julie : Inférence de réseaux multi-omiques - M2 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Gildas Mazo, Florence Jaffrézic - Equipe(s): Dynenvie
LE-GUERN FIALLO Pablo : Modélisation et analyse de spectres proche infra-rouge via des modèles déformables pour la prédiction de phénotypes chez les plantes - master 2 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Tristan Mary-Huard, Renaud Rincent - Equipe(s): Dynenvie
CAILLEBOTTE Antoine : Modélisation jointe de données longitudinales et de survie en grande dimension. Application à la pyrale du maïs. - master 2 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Sarah Lemler, Judith Legrand, Elodie Marchadier - Equipe(s): Dynenvie
COTTARD Emilie : Molecular comprehension of the modularity in Two Components Systems in order to design new ones - M1 : du au
Encadrant(s) : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André and Pierre Nicolas - Equipe(s): StatInfOmics
DESVILLES Aurélien : Screening the Sec proteins in the core genome of the gut - M1 : du au
Encadrant(s) : Sylvain Marthey et Gwenaëlle André - Equipe(s): StatInfOmics
MURARO Anthony : Grands graphes aléatoires spatialisés sous-jacents à la propagation d’épidémies : estimation des paramètres et analyse de données - Master 2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Patrick Hoscheit, Estelle Kuhn, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
KUBASCH Madeleine : Évaluation de la vulnérabilité épidémiologique au sein d’un réseau d’échanges - Master 2 Mathématiques et Applications - Sorbonne Université : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Vincent Bansaye (CMAP, Ecole Polytechnique) - Equipe(s): Dynenvie
Marion Naveau : Sélection de variables en grande dimension dans les modèles non linéaires à effets mixtes. Application en amélioration des plantes. - M2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Maud Delattre, Laure Sansonnet - Equipe(s): Dynenvie
DOEHLER Marianne : Effet des pratiques et du paysage sur la concurrence des maladies des cultures au sein des agroécosystèmes céréaliers. - M2 Amélioration, production, valorisation du végétal - AgroCampus Ouest De Rennes : du au
Encadrant(s) : Florence Carpentier, Anne-Lise Boixel - Equipe(s): Dynenvie
Ouddah Ayoub : Apprentissage, vidéaos, biologie - Master sciences, technologie, santé mention informatique - Université de la Sorbonne : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil - Equipe(s): BioSys
Belaaroussi Yassine : Classification progressive d’embryons par réseaux de neurones profonds - master 2 - Université Clermont Auvergne : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil,Patrick Bouthemy, Alline Paula Reis, Marine Poulain - Equipe(s): BioSys
CAYATTE Mayeul : Construction et analyse de sensibilité d’un modèle structuré pour la propagation et le contrôle de Covid-19 - Fin d'étude d'ingénieur - Ecole Polytechnique : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu; Co-encadrants : Vincent Bansaye, Olivier Le Maître (Ecole Polytechnique) - Equipe(s): Dynenvie
MENDOZA Chloe : Modélisation conjointe des différentes voies de transmission spatio-temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages. - 2ème année - INSA : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Simon Labarthe - Equipe(s): Dynenvie
2023
Lehembre Thomas : Modélisation multi-épidémique de la cooccurrence des maladies des blés : du au
Encadrant(s) : Florence Carpentier ; Elisabeta Vergu; Suzanne Touzeau (ISA) - Equipe(s): Dynenvie
MAATOUK Rita : Optimisation multi-critère et estimation en présence d'aléa. Application à la sélection de variétés multi-performantes en végétal en présence de variabilité environnementale - Master 1 - Université Paris Saclay Orsay : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Jean-Benoist Leger - Equipe(s): Dynenvie
Nguyen Thanh-Julie : Effect des insecticides sur les abeilles sauvages - 3A - Agroparistech : du au
Encadrant(s) : Florence Carpentier ; Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
DUMETZ Lucas : Modélisation mathématique de l'horloge circadienne dans une population d'hépatocytes - M2 - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Laurent Tournier, Mathieu Mezache - Equipe(s): BioSys
HAK Fiona : Développement d’un pipeline d’analyse de données génomiques pour la reconstruction des potentialités métaboliques de bactéries pressenties pour jouer un rôle dans la fermentation - Master 1 - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : V. Loux, S. Schbath - Equipe(s): Migale
CARREL-BILLIARD Louis : Exploration d’une approche hologénomique pour prendre en compte le microbiote de l’hôte - M2 - Université Aix-Marseille : du au
Encadrant(s) : Andrea Rau, Mahendra Mariadassou - Equipe(s): StatInfOmics
LEGRAS Mia : Identification of strain fluxes in a dairy food chain - Master 2 - Université Paris-cité : du au
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King - Equipe(s): StatInfOmics
MEYER Eloïse : Quels dispositifs de médiation scientifique pour communiquer des résultats de séquençage métagénomique d’échantillons microbiens dans un projet de sciences participatives portant sur des aliments fermentés ? - Master 1 - Université de Bordeaux Montaigne : du au
Encadrant(s) : Romane Junker, Hélène Chiapello, Florence Valence, Laurent Marché - Equipe(s): StatInfOmics
CHANUT Max-Henri : Développement d'une application shiny pour comparer l'empreinte environnemental de l'usage du verre et du plastique dans un laboratoire - L2 - Université canadienne : du au
Encadrant(s) : S. Schbath, C. Midoux, M. de Paepe - Equipe(s): Migale
VIGO Elora : Évolution de l'interface web d'Omnicrobe afin d'ordonner les données selon leur qualité - Master 1 - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Louise Deléger, Sandra Dérozier - Equipe(s): Bibliome /StatInfOmics
PETY Solène : Développement de méthodes pour la détection de flux de souches et de gènes à partir de données métagénomiques shotgun le long d’une chaîne de production alimentaire - Master 2 - Université de Rouen : du au
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King - Equipe(s): StatInfOmics
VATI Inès : Utilisation de réseaux de neurones pour l’étude phylodynamique de modèles épidémiologiques. - M1 - École des Ponts Paristech : du au
Encadrant(s) : Patrick Hoscheit - Equipe(s): Dynenvie
2022
LE GUERN FIALLO Pablo : Modélisation et analyse de spectre pour la prédiction de phénotypes chez les plantes - Master 2 - Université Paris Saclay Evry : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Tristan Mary-Huard, Renaud Rincent - Equipe(s): Dynenvie
CAILLEBOTTE Antoine : Modélisation jointe de données longitudinales et de survie en grande dimension - Master 2 - Université Paris Saclay Orsay : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Sarah Lemler (CentraleSupelec MICS), Judith Legrand, Elodie Marchadier (INRAE GQE Le Moulon) - Equipe(s): Dynenvie
TEMTEM Anaghim : Conception et développement de pipelines bioinformatiques et biostatistiques pour la construction, l'enrichissement et la spécialisation d’un modèle d’une cellule de plante - Bac +6 - Institut national des sciences appliquée de de la technologie (Tunis) : du au
Encadrant(s) : Olivier Inizan @ Anne Goelzer - Equipe(s): BioSys
LERAY Laurine : Analyse de l'abondance de gènes marqueurs butyrate et propionate dans les cohortes métagénomiques liées à des dysbioses pathologiques - master2 - AgroParisTech : du au
Encadrant(s) : Thomas Lacroix, Claire Cherbuy - Equipe(s): StatInfOmics
TOFFANO Antoine : Analyse comparative de méthodes neuronales de normalisation d’entités en domaine biologique - Master 1 - université de Rennes 1 : du au
Encadrant(s) : Louise Deléger, Arnaud Ferré - Equipe(s): Bibliome
ATIA Safiya : Genoscapist - Ajout de fonctionnalités de personnalisation des éléments graphiques via l'interface utilisateur - Master 1 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin - Equipe(s): StatInfOmics
BEGHIN Romane : Genoscapist - Ajout de fonctionnalités de chargement de données à la volée - Master 1 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin - Equipe(s): StatInfOmics
TEMPEZ Eliott : Etude du gène codant la L-lactate déshydrogénase dans le pangénome de lactobacilles et analyse structurale et fonctionnelle de la protéine - Licence 2 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Romane JUNKER, Samantha SAMSON - Equipe(s): StatInfOmics
2021
GUEDON Tom : Procédures de test des composantes de la variance dans un modèle mixte pour des échantillons de taille finie - master 2 - ENSAE : du au
Encadrant(s) : Kuhn Estelle ; Baey Charlotte (Université de Lille) - Equipe(s): Dynenvie
MOLODIJ Victor : Analyse de données pour la compréhension des Interactions dans des écosystèmes microbiens complexes - M2 Mathématiques Appliquées aux Sciences du Vivant - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Christine Kéribin, Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie
Imane Boualaoui : Analyse phylodynamique de virus recombinants - Sorbonne Université : du au
Encadrant(s) : Patrick Hoscheit - Equipe(s): Dynenvie
HATON Romain : Analyse de données de composition de flores fromagères - Master1 de Mathématiques Appliquées - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Christine Kéribin, Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie
JUNKER Romane : Caractérisation de la diversité génomique et du contenu en gènes d’intérêt d’une collection de souches de lactobacilles. - Master2 AMI2B - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Hélène Chiapello, Michel-Yves Mistou - Equipe(s): StatInfOmics
Godart Nathan : Test de méthodes de reconstruction d’haplotypes de gènes de résistance aux antibiotiques présents dans des données métagénomique - L3 - Université de Poitiers : du au
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Anne-Carmen Sanchez - Equipe(s): StatInfOmics
LOPEZ Julien : Voies métaboliques de dégradation de sucres complexes par les bactéries commensales et utilisation comme marqueurs de microbiotes sains et dysbiotiques - M2 Biodiversité Génomique et Environnement - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Thomas Lacroix, Claire Cherbuy - Equipe(s): StatInfOmics
2020
AUGER Sandrine : Analyse multiomique de l’impact des peptides d’extraits de levure sur la bactérie Streptococcus thermophilus - Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative (DUBii) - Université de Paris & IFB : du au
Encadrant(s) : H. Chiapello & V. Loux - Equipe(s): Migale
REVEILLAUD Julie : The Wolbachia mobilome in Culex mosquitoes - Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative (DUBii) - Université de Paris & IFB : du au
Encadrant(s) : H. Chiapello & V. Loux - Equipe(s): Migale
Onfroy Audrey : Modélisation mécaniste de réseaux commerciaux d’animaux - Master 2 MathSV - UPS : du au
Encadrant(s) : Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
Lecomte Maxime : Modeling a microbial community to improve organoleptic cheese quality - M2 - Université de Bordeaux (UB) : du au
Encadrant(s) : Simon Labarthe, Clémence Frioux - Equipe(s): Dynenvie
Debbah Nagi : Développement d'un workflow Snakemake pour la détection de pseudogènes - Master 1 - Université de Paris Diderot : du au
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Hélène Chiapello - Equipe(s): StatInfOmics
Trafny Théo : Développement d'une Interface Graphique pour l'Annotation de Videos - DUT - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil, Alline Paula Reis - Equipe(s): BioSys
Anne-Carmen Sanchez : Analysis of microbial diversity in metagenomic datasets - Master 2 - Sorbonne université : du au
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas - Equipe(s): StatInfOmics
Vincent Claire : Mise au point d'une méthode d'analyse de données métagénomiques eucaryotes et application sur plusieurs écosystèmes alimentaires - M2 - Muséum d'Histoire Naturelle : du au
Encadrant(s) : Olivier Rué - Equipe(s): Migale
2019
AH-LONE Sam : Mise en place d'une application permettant l'alignement de génomes complets bactériens - Master Biosciences, Bio-Informatique 2ème année en apprentissage - Université de ROUEN Normandie : du au
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Hélène Chiapello - Equipe(s): Migale /StatInfOmics
BENOIST Joffrey : Développement d'un pipeline pour la détection de pseudogènes - Master 1 - Master Bio-informatique/Bio-statistiques et Magistère de biologie, Université Paris Sud Orsay : du au
Encadrant(s) : C. Coluzzi, V. Loux et H. Chiapello - Equipe(s): Migale /StatInfOmics
ECOTIERE Claire : Estimation des paramètres pour un modèle de dynamique de croissance du maïs - Master 2 mathématiques et applications - mathématiques pour les Sciences du vivant - Ecole polytechnique- Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Béatrice Laroche, B. Andieu - Equipe(s): Dynenvie
KOUYE Henri Mermoz : Analyse de sensibilité pour modeles stochastiques - M2 MathSV - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Gildas Mazo, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
MOLODIJ Victor : Modélisation de l'hétérogénéité de transmission d'un pathogène dans une population due aux interactions entre le pathogène, l'hôte et son microbiote - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud - Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie
TANNEUR Irène : Contrôle du taux de mutation spontanée dans la bactérie Bacillus subtilis - 5e année - INSA Lyon : du au
Encadrant(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE), Matthieu Jules (MICALIS) - Equipe(s): StatInfOmics
TORELINO Krystel : Modélisation du comportement du virus de la sharka chez l’abricotier sauvage dans le cadre d’études de génétique d’association génotype/phénotype - Master 2 Mathématiques et Applications - Spécialité Ingénierie Mathématique et Biostatistique - Université Paris Descartes : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Véronique Decroocq (UMR BFR INRA, Bordeaux) - Equipe(s): Dynenvie
EL DJOUDI Yassin : Etude des polymorphismes intraspécifiques des espèces majoritaires du microbiote intestinal à partir de génomes séquencés - L3 sciences de la vie parcours bio-informatique - Université de Poitiers : du au
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas - Equipe(s): StatInfOmics
GHOUL Amina : Etude de la distribution de longueurs des lectures produites par les technologies de séquençage de 3ème génération - Master 1 Mathématiques et interactions - Université d'Evry Val d'Essonne : du au
Encadrant(s) : Jean-François Gibrat - Equipe(s): StatInfOmics
GHOULI Zakia : Interface graphique pour l'annotation de films en biologie du développement - DUT informatique 2ème année - Université Paris Sud - Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil - Equipe(s): BioSys
NGUYEN-PHAM Khanh-Chi : La caractérisation moléculaire de l’interaction Mfd -Mutation frequency decline et facteur de virulence- avec sa partenaire UvrA, deux protéines bactériennes. - M1 bioinformatique - Université Paris-Diderot : du au
Encadrant(s) : Gwenaelle Andre-Leroux - Equipe(s): StatInfOmics
PAULAY Amandine : Modélisation de la dégradation des protéines par le microbiote intestinal humain - Master 2 Génomique et Environnement - Université Paris-Saclay : du au
Encadrant(s) : Beatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe - Equipe(s): Dynenvie
PINSARD Etienne : Grands graphes aléatoires : simulation et analyse de données pour l'étude d'épidémies - Master 2 systèmes complexes - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
SOUILLOT Mathilde : Modélisation et estimation de l'effet du paysage sur la densité et la diversité d'espèces - M2 - AGROCAMPUS Ouest, Rennes : du au
Encadrant(s) : Florence Carpentier, Katarzyna Adamczyk - Equipe(s): Dynenvie
ECOTIERE Claire : Estimation de paramètres pour un modèle de dynamique de croissance du maïs - Master 2 Mathématiques et Applications - Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Ecole Polytechnique : du au
Encadrant(s) : Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie
2018
BEN SAMIR Inès : Visual representation of resource allocation in living cells - Final project (informatics engineer) - Institut Supérieur des Sciences Appliquées et de Technologie de Sousse : du au
Encadrant(s) : Wolfram Liebermeister - Equipe(s): BioSys
MESSOUDI Soundouss : Utilisation de méthodes d'apprentissage pour la prédiction de viabilité d'embryons bovins à partir de films révélant le développement précoce des embryons - Master 2 Informatique des Organisations - Informatique. Systèmes Intelligents - Université Paris Dauphine : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil, Alline Paula-Reis - Equipe(s): BioSys
BRANGER Maxime : Génomique évolutive des souches de Mycobacterium bovis en France depuis 1978. Séquençage et assemblage d'un génome de référence français de Mycobacterium bovis - Licence professionelle génomique - CNAM - ENCPB : du au
Encadrant(s) : Valentin Loux - Equipe(s): Migale
CHERAL Alann : Inférence par des modèles à effets mixtes d’un modèle de réponse fonctionnelle en écologie - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Saclay (Univ. Orsay) : du au
Encadrant(s) : Maud Delattre ; Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
LASGUIGNES Emilien : Allocations des ressources pour les souches de Streptomyces productrices d'antibiotiques - M2 BioInfo - Université Touloiuse III -Paul Sabatier : du au
Equipe(s): BioSys
NAKHLA Rochd : Modélisation conjointe des différentes voies de transmission spatio- temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages - M2 - Master Modélisation et Simulation, ENSTA Paristech : du au
Encadrant(s) : Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
NAKHLA Rochd : Modélisation conjointe des différentes voies de transmission spatio- temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages - M2 - Master Modélisation et Simulation, ENSTA Paristech : du au
Encadrant(s) : Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
PAME Kévin : Clustering auto-organisé dans un grand réseau dynamique - M2 Ingénierie Mathématique pour les Sciences du Vivant - Université Paris 5 : du au
Encadrant(s) : Madalina Olteanu, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
HARDY Clément : Exploration des Méthodes d'analyse de données compositionnelles pour l'étude du lien entre microbiote instestinal et santé - Master 1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland - Equipe(s): StatInfOmics
BANKOLE Alexia : Programmation d’un outil de construction de matrices d’occurrences de gènes dans des populations de génomes microbiens - L3 en double licence Sciences de la vie et informatique - Université Paris Saclay - Université Evry : du au
Encadrant(s) : Hélène Chiapello, Olivier Inizan - Equipe(s): StatInfOmics
CHAPUT Maxime : Structure du microbiote intestinal relativement aux fonctions impactant la cholesterolémie de l’hôte - M2 - Master Bioinformatique Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Simon Labarthe, Moez Rhimi (Micalis) - Equipe(s): Dynenvie
DE MURAT Daniel : Etude comparative d’outils d’analyses de données de séquençage métagénomiques - Master 1 de bioinformatique - Université Paris 7 : du au
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Olivier Rué - Equipe(s): Migale /StatInfOmics
SAMSON Samantha : Identification des homologues structuraux de PknB chez S. thermophilus. Validation in vitro. - Master 1 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : du au
Encadrant(s) : Véronqiue Monnet (MICALIS) et Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s): StatInfOmics
ALBERT Solène : Caractérisation in silico de la structure/fonction/pathogénie de Mfd -Mutation frequency decline- chez diverses souches de B. cereus. Validation in vitro. - Master 2 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : du au
Encadrant(s) : Nalini RamaRao (MICALIS) ; Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s): StatInfOmics
LAYAN Maylis : Induction and mitigation of durable dysbiosis in the gut ecosystem - M2 - ENS Cachan : du au
Encadrant(s) : Maarten Van de Guchte, Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie
DUBUS Nuno : Etude de la transition florale du maïs - L2 Biologie - Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade - Equipe(s): Dynenvie
DENOEUD Alexis : Caractérisation structurale in silico de FstA de Streptococcus thermophilus - Licence L3 - Faculté des Sciences d'Orsay - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Gwenaëlle André-LerouxGwenaëlle André-Leroux - Equipe(s): StatInfOmics
2017
BELGHITI Mounia : Modélisation prédictive du développemen embryonnaire in vitro et automatisation de l'analyse d'images - Master 2 - Université de Strasbourg : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil (MaIAGE, INRA), Alline de Paula Reis (ENVA/BDR) - Equipe(s): BioSys
BRAUNE Arthur : Evaluation de l'impact de mélanges de bactéries nageuses sur la diffusion-réaction au sein d'un biofilm - M1 - Centrale Lille : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil, Simon Labarthe, Béatrice Laroche - Equipe(s): BioSys
DAOUDA OUMOU SALAMA Abdourahim : Modélisation et estimation du phyllochrone du maïs. Etude des effets du génotype et de l'environnement - Master 1 - Institut de Statistique de l'Université Pierre et Marie Curie (ISUP) : du au
Encadrant(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade - Equipe(s): StatInfOmics
OODALLY Ajmal : Estimation dans un modèle de fragilité à partir d'une vraisemblance partielle - Master 2 - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Estelle Kuhn (MaIAGE) - Equipe(s): Dynenvie
SOLDATKINA Oleksandra : Inférence de modèles d'interactions en écologie microbienne: application aux bactéries du microbiote intestinal - Master 2 - Université Paris Saclay - Orsay : du au
Encadrant(s) : Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie
XIE Hengjia : Analyse statistique des changements métaboliques suite à une perturbation chez la chèvre - M2 - Université Paris-Descartes : du au
Encadrant(s) : Masoomeh Taghipoor, Sandra Plancade, Céline Domange - Equipe(s): StatInfOmics
ANTHONY Eric : Adaptation, mise en œuvre et comparaison d’algorithmes de recherche de centralité des nœuds dans des graphes temporellement dynamique - M2 Bioinformatique - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
MATRAS Cassandre : Définition d'une typologie des échanges d'animaux en élevages bovins - Master 1 - AgroSup Dijon : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE), Aurélie Courcoul (ANSES) - Equipe(s): Dynenvie
NARCI Romain : Inférence par des processus de diffusion des paramètres clés des dynamiques épidémiques partiellement observées - M2 MathSV - Université Paris Saclay : du au
Encadrant(s) : Maud Delattre, Catherine Larédo, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
YAGDJIAN Armen : Modélisation de dynamiques d’interactions spatiales en biologie cellulaire à partir de trajectoires 3D+temps mesurées en microscopie - M1 - Université Paris Saclay - Orsay : du au
Encadrant(s) : Béatrice Laroche ; Simon Labarthe ; Alain Trubuil - Equipe(s): BioSys /Dynenvie
AH-LONE Sam : Evaluation des outils d'alignement de génomes complets bactériens publiés et disponibles (avantages/limites) - Master Biosciences, Bio-Informatique 1ère année - Université de ROUEN Normandie : du au
Encadrant(s) : Sandra Dérozier - Equipe(s): Migale
GIGUELAY Ambre : Analyse des données du réseau de mouvements commerciaux de bovins en France - M1 - AgroParisTech : du au
Encadrant(s) : Gaël Beaunée; Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
EL-KHIARI Slim : Génomique comparée et reconstruction de voies métaboliques pour le développement d’un milieu de culture sélectif de Enterococcus cecorum - M2 Analyse des génomes - Université UPMC/Institut Pasteur : du au
Encadrant(s) : Valentin Loux (MaIAGE), Pascale Serror (Micalis) - Equipe(s): Migale
LAO Julie : Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystèmes microbiens à partir de données métagénomiques - Master Bioinformatique - Université Paris Diderot : du au
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath - Equipe(s): StatInfOmics
2016
DARRIGADE Léo : Modélisation du microbiote intestinal - Master 2 - Universite Paris-Saclay (Paris Sud et AgroPariTech) : du au
Encadrant(s) : Béatrice Laroche, Simon Labarthe - Equipe(s): Dynenvie
FROUIN Arthur : Modèle de recombinaison dépendente de la distance phylogénétique - M2 Ingéniérie Statistique et Génome - UPSay : du au
Encadrant(s) : Pierre NICOLAS - Equipe(s): StatInfOmics
JANICOT Stéphane : Modélisation statistique de l’évolution temporelle d’un réseau de commerce : application aux mouvements commerciaux de bovins - Master 2 - Université : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Benoît Durand (Laboratoire Santé Animale, ANSES Maisons-Alfort) - Equipe(s): Dynenvie
RASENDRA Marie-Ange : Modélisation de la diffusion dans un biofilm - M1 - Ecole Centrale Marseille : du au
Encadrant(s) : Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Alain Trubuil - Equipe(s): Dynenvie
GARNAULT Maxime : Durabilité des fongicides - Stage de Master 2 - AgroParitech : du au
Encadrant(s) : Olivier David, Florence Carpentier, Anne-Sophie Walker (INRA Grignon) - Equipe(s): Dynenvie
NARCI Romain : Analyse de sensibilité et méta-modélisation, par simulation, de modèles à sorties spatiales et dynamiques. Application en agronomie. - Master 1 - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Hervé Monod, Caroline Bidot - Equipe(s): Dynenvie
NGUYEN Thi-phuong-lien : Update of GPCR automodel - Master 2 pro - Université d'Aix MArseille : du au
Encadrant(s) : Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s): StatInfOmics
STRAFELLA Loïc : Simulateur de paroi bactérienne - Master 2 - Université Rennes 1 : du au
Encadrant(s) : Marc Dinh, Pierre Flores, Vincent Fromion - Equipe(s): BioSys
CHAPUIS Emile : Etude d'un jeu de données méta-protéomiques - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Sandra Plancade, Sylvie Huet - Equipe(s): StatInfOmics
KAMARI Halaleh : Analyse de sensibilité, construction de méta-modèles basée sur les espaces RKHS et application à la modélisation du pH du lait cru - Master 2 - Université Paris Saclay et Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Sylvie Huet, Marie-Luce Taupin - Equipe(s): Dynenvie
LADMIRAL Charles : Modélisation de l'évolution des populations d'un programme de sélection décentralisée et participative sur le blé - Master "Analyse numérique et équations aux dérivées partielles". - Ecole Nationale des Ponts et Chaussées - PariTech : du au
Encadrant(s) : Olivier David - Equipe(s): Dynenvie
MONTAGNON Pierre : Modèles de dynamiques de populations pour réseaux dynamiques - Master 2 probabilités et Modèles Aléatoires - Université Paris 6-7 : du au
Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Vincent Bansaye (CMAP Ecole Polytechnique) - Equipe(s): Dynenvie
CHARPIGNY Noé : Prise en main de MATLAB. Etude d'une bibliothèque de fonctions sur les graphes. Programmation d'un algorithme de partitionnement de volume. Application à la division cellulaire - BAC +3 - Ecole Centrale de Lille : du au
Encadrant(s) : Alain Trubuil - Equipe(s): BioSys
DEDECKER Anatole : Stagiaire de 3ème - Collège - Collège Evariste Galois : du au
Encadrant(s) : Eric Monvert - Equipe(s): LogInf
2015
MERMER Feyza : Stage M1 : Analyse bayésienne des données d'un projet de sélection décentralisée et participative sur le blé tendre - M1 Ingénierie Mathématique - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : O. David (MaIAGE), I. Goldringer et P. Rivière (INRA Moulon) - Equipe(s): Dynenvie
PATERNINA Janio : Caractérisation in silico du récepteur olfactif PSGR - M1 BSSM - Génie Physiologique, Biotechnologique Informatique - Université de Poitiers : du au
Encadrant(s) : Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s): StatInfOmics
SHI Xiaohan : Modélisation et estimation de l'abondance d'hippocampes sur le bassin d'Arcachon et l'étang de Thau en fonction de l'habitat - Master 2 Mathématiques appliquées - Ecole Polytechnique : du au
Encadrant(s) : Sylvie Huet - Equipe(s): StatInfOmics
TOMASEVIC Milica : Analyse de sensibilité et méta-modélisation par simulation, de modèles à sorties spatiales et dynamiques - Application en Agronomie - Master 2 Mathématiques - Université de Nice : du au
Encadrant(s) : Sylvie Huet, Marie-Luce Taupin - Equipe(s): Dynenvie
REZGUI Imane : Collaboration avec l'Université de Mentouri à Constantine en Algérie - Etudiante en thèse - Université de Constantine : du au
Encadrant(s) : Hervé Monod (MaIAGE) - Equipe(s): Dynenvie
2014
PEILLET Stéphane : Intégration d'outils et de workflows dans Galaxy : contrôle qualité et amélioration de la reproductibilité - Master 2 CI - ESME SUDRIA : du au
Encadrant(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux, Franck Samson - Equipe(s): Migale /StatInfOmics
BASTIDE Paul : Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies - Master 2: Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Université Paris Sud : du au
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin - Equipe(s): StatInfOmics
GEERAERT Sébastien : Construction et implémentation d’un modèle d’épidémiologie économique fondé sur des réseaux dynamiques et adaptatifs - 3ème année (M1) - Ecole Polytechnique : du au
Encadrant(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
GEERAERT Sébastien : Construction et implémentation d’un modèle d’épidémiologie économique fondé sur des réseaux dynamiques et adaptatifs - 3ème année (M1) - Ecole Polytechnique : du au
Encadrant(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu - Equipe(s): Dynenvie
PRIVAT Martin : Logiques cis-régulatrices dans le développement du cerveau moyen - Licence 3 - ENS - Lyon : du au
Encadrant(s) : Pierre Nicolas, Sophie Schbath - Equipe(s): StatInfOmics
2013
GUARRACINO Yann : Implémentation de workflows ngs dans un environnement galaxy - Master 1 : Biologie - Informatique - Université Paris Diderot - Paris7 : du au
Encadrant(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux - Equipe(s): Migale /StatInfOmics
2012
PAIN Adrien : Typage Bactérien basé sur le pan-génome - Master 2 - Université Paris Diderot : du au
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières - Equipe(s): StatInfOmics
BEN HASSINE Najla : Etude de l'influence du microbiote intestinal sur l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien dans le cas du stress aigu chez le rat par des approches : protéomique, transcriptomique et bioinformatique - Master 2 Génomique et Post Génomique Spécialité Génie Biologique et Informatique - Université d'Evry Val d'Essonne : du au
Encadrant(s) : Sandra Derozier, Franck Samson - Equipe(s): Migale
BLIN Camille : Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques - Master Biosciences - ENS Lyon : du au
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières - Equipe(s): StatInfOmics
REBOUL Guillaume : Implémentation et mise en place d'un Genome Browser pour la truite arc-en-ciel - DUT Génie biologique, option Bio-informatique - IUT Aurillac : du au
Encadrant(s) : Sandra Derozier - Equipe(s): Migale