Service en ligne

L'unité met aussi un certain nombre de logiciels sous la forme de services web utilisable directement à partir d'un navigateur. 
 

  • Cocitations est un service en ligne Ă©quipĂ© d'une base de donnĂ©es indexant les phrases issues des rĂ©fĂ©rences PubMed et mentionnant au moins deux noms de gènes. Un utilisateur peut interroger la base en donnant un nom de gène dans une espèce donnĂ©es (seule Bacillus subtilis est actuellement disponible), et sĂ©lectionne le second gène en parcourant la liste des gènes cocitĂ©s. Les rĂ©fĂ©rences ou phrases correspondantes sont alors affichĂ©es, et les occurrences des noms de gènes sont surlignĂ©es. 
     

  • CompaGB est une application web qui permet d'Ă©valuer et de comparer les Genomes Browsers sous forme de tableaux ou de graphiques radar. L'utilisateur a Ă©galement la possibilitĂ© de pondĂ©rer la liste des critères pour adapter sa recherche Ă  un contexte spĂ©cifique. Ce projet est ouvert Ă  toute la communautĂ©, les contributions de nouvelles Ă©valuations sont les bienvenues. La liste des critères vise Ă  ĂŞtre polyvalente et rĂ©pondre aussi bien aux besoins d'un biologiste qui s'intĂ©resse Ă  des fonctionnalitĂ©s conviviales qu'Ă  un bioinformaticien qui veut intĂ©grer le Genome Browser dans un cadriciel plus large, ou Ă  un informaticien qui regarde les caractĂ©ristiques plus techniques. 
     

  • DOMIRE (DOMain Identification from REcurrence) est un serveur utilisant le programme VAST ( comparaison des structures 3D des protĂ©ines, tĂ©lĂ©chargeable librement ici) pour dĂ©finir les limites des domaines structuraux dans les proteines Ă  partir de leurs coordonnĂ©es atomiques (Samson, F., Shrager, R., Tai, C.-H., Sam, V., Lee, B.-K., Munson, P., Gibrat, J.-F. and Garnier, J. (2012). Domire: a web server for identifying structural domains and their neighbors in proteins. Bioinformatics. 28 (7) 1040-1041. [ DOI ]). Il fournit aussi pour chaque structure requĂŞte une liste de voisins structuraux. 
     

  • Insyght est un outil de visualisation, s'appuyant sur un entrepĂ´t de donnĂ©es gĂ©nomiques, qui permet d'analyser les homologies, les synthĂ©nies et les rĂ©gions gĂ©nomiques idiosyncratiques Ă  l'Ă©chelle de plusieurs organismes. Son originalitĂ© est d'associer une reprĂ©sentation symbolique et une reprĂ©sentation proportionnelle. La reprĂ©sentation symbolique amĂ©liore la lisibilitĂ© de la rĂ©gion d'intĂ©rĂŞt, alors que la reprĂ©sentation proportionnelle permet de localiser les rĂ©arrangements complexes Ă©parpillĂ©s dans le gĂ©nome et se produisant Ă  diffĂ©rente Ă©chelle. Une deuxième vue est consacrĂ©e Ă  l'analyse exhaustive d'un jeu de gènes d'intĂ©rĂŞts. Par exemple il est possible d’analyser les gènes niche-spĂ©cifique ou core-gĂ©nome correspondant Ă  une fonction ou un processus biologique particulier. Domaines d’application: profilage phylogĂ©nĂ©tique, annotation de la fonction des gènes, dĂ©tection des Ă©vènements d'Ă©volutions (ex: transfert horizontal) et analyse de gènes niche-spĂ©cifique ou core-gĂ©nome. 
     

  • FROST (Fold Recognition Oriented Search Tool) est un outil de reconnaissance de repliements d'une protĂ©ine Ă  partir de sa sĂ©quence en amino acides (Marin, J. Pothier, K. Zimmermann and J.-F. Gibrat. FROST: a filter-based fold recognition method. Proteins, 2002 Dec 1; 49(4): 493-509 [PubMed]). 
     

  • GPCRautomodel : Les rĂ©cepteurs couplĂ©s aux protĂ©ines G sont des composants essentiels dans les mĂ©canismes de rĂ©ponse aux facteurs environnementaux. Le serveur GPCRautomodel a pour but de modĂ©liser les rĂ©cepteurs olfactifs Ă  partir de leur sĂ©quence en acides aminĂ©s et d'effectuer des simulations d'amarrage de ligands sur les structures rĂ©sultantes (Launay et al., PEDS 2012).