Former PhD theses

GOUTORBE Benoit : Développement et application d'une méthode précise et efficace pour l'analyse du microbiote humain à visée clinique - ED577 SDSV - Supported on: 2022-10-21 - Director : Sophie Schbath - Supervisor(s) : P. Halfo (Alphabio), G. Bidaut (INSERM Marseille) - Team(s): StatInfOmics

NARCI Romain : Modélisation et inférence par une approche couplant filtrage et algorithmes stochastiques pour des dynamiques épidémiques partiellement observées - ED574 EDMH - Supported on: 2022-02-17 - Director : C. Laredo (MaIAGE) - Supervisor(s) : E. Vergu (MaIAGE), M.Delattre (AgroParisTech) - Team(s): Dynenvie

CRISTANCHO-FAJARDO Lina : Modeling of epidemic spreading through animal trade networks accounting for farmers decision making : assessment of control strategies for enzootic diseases - ED581 ABIES - Supported on: 2022-03-17 - Director : P. Ezanno (BioEpar, INRA Nantes), E. Vergu (MaIAGE) - Team(s): Dynenvie

BICHAT Antoine : Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles - ED574 EDMH - Supported on: 2020-12-09 - Director : C. Ambroise (Univ. Very, LaMME) - Supervisor(s) : M. Mariadassou (MaIAGE), J. Plassais (Enterome) - Team(s): StatInfOmics

MOULIN Cécile : Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire: application au métabolisme du cancer - ED580 STIC - Supported on: 2020-11-05 - Director : S. Péres (UPSaclay, LRI) - Supervisor(s) : L. Tournier (MaIAGE) - Team(s): BioSys

DIOP Ousmane : Analyse mathématique de la dynamique de réseaux de régulation biologique - ED580 STIC - Supported on: 2020-12-08 - Director : V. Fromion (MaIAGE) - Supervisor(s) : L. Tournier (MaIAGE) - Team(s): BioSys

LU Yunjiao : Dynamiques intracellulaires et imagerie de super-résolution : la paroi bactérienne sondée à l'échelle moléculaire - ED601 MathSTIC - Supported on: 2021-06-13 - Director : C. Kervrann (INRIA, Rennes) - Supervisor(s) : A. Trubuil (MaIAGE), R. Carballido-Lopez (INRA, Micalis) - Team(s): BioSys

BASSIGNANI Ariane : Intégration et analyse de données de métaprotéomique quantitative en shotgun pour explorer les fonctionnalités du microbiote intestinal humain dans le cadre des maladies cardiométaboliques - ED394 Physiologie Physiopathologie et Thérapeutique - Supported on: 2019-09-30 - Director : C. Juste (INRA-Micalis) - Supervisor(s) : S. Plancade (MaIAGE), M. Berland (INRA-MGP) - Team(s): StatInfOmics

VILA NOVA Meryl : Détection et identification des mutations et des voies métaboliques associées à l’adaptation à l’hôte dans le pangénome de Salmonella - ED581 ABIES - Supported on: 2019-12-18 - Director : M.-Y. Mistou (ANSES) - Supervisor(s) : N. Radomski (Anses), M. Mariadassou (MaIAGE) - Team(s): StatInfOmics

ZAAROUR Marwa : Analysis and rerouting of cellular resources for improvement of heterologous protein production in Bacillus subtilis - ED577 SDSV - Supported on: 2019-07-18 - Director : V. Sauveplane (INRA, MICALIS) - Supervisor(s) : V. Fromion (MaIAGE), A. Goelzer (MaIAGE), M. Jules (INRA, MICALIS) - Team(s): BioSys

SULTAN Ibrahim : Statistical modeling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery - ED577 SDSV - Supported on: 2019-06-21 - Director : S. Schbath (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Supervisor(s) : P. Nicolas (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Team(s): StatInfOmics

FERRE Arnaud : Acquisition automatique de connaissances à partir d’articles scientifiques pour la modélisation du développement de la graine chez Arabidopsis thaliana - ED580 STIC - Supported on: 2019-05-24 - Director : C. Nédellec (MaIAGE), P. Zweigenbaum (CNRS, LIMSI) - Team(s): Bibliome

JEANNE Guillaume : Optimisation de la conception de bioprocédés : vers une approche intégrée biologie de synthèse et conduite du procédé - ED580 STIC - Supported on: 2018-09-27 - Director : V. Fromion (MaIAGE) - Supervisor(s) : A. Goelzer (MaIAGE) - Team(s): BioSys

BAUDIER Claire : Décoder les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'allocation dynamique des ressources chez la bactérie par une approche couplant modélisation et expérimentation - ED577 SDSV - Supported on: 2018-07-02 - Director : V. Fromion (MaIAGE) - Supervisor(s) : P. Robert (INRIA) - Team(s): BioSys

COLAS Floriane : Développement d'un modèle d'aide à la décision pour la gestion intégrée de la flore adventice. Méta-modélisation et analyse de sensibilité d'un modèle mécaniste complexe (FLORSYS) des effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice - - Supported on: 2018-03-26 - Director : Colbach (INRA, Dijon) - Supervisor(s) : J.-P. Gauchi (MaIAGE), Villerd (INRA, Nancy) - Team(s): Dynenvie

DESLANDES François : Modélisation de la biogénèse des oléosomes chez Arabidopsis thaliana - ED581 ABIES - Supported on: 2017-12-12 - Director : B. Laroche (MaIAGE) - Supervisor(s) : A. Trubuil (MaIAGE), R. Carballido-Lopez (INRA, Micalis) - Team(s): BioSys, Dynenvie

LAIB Khaled : Analyse hiérarchisée de la robustesse des systèmes incertains de grande dimension - ED160 EEA - Supported on: 2017-07-18 - Director : G. Scorletti (Ecole Centrale Lyon) - Supervisor(s) : A. Korniienko (ECL), F. Morel (ECL), M. Dinh (MaIAGE) - Team(s): BioSys

LARUELLE Elise : Vers une modélisation des grands plans d’organisation de l’embryon d'Arabidopsis thaliana - ED567 SDV - Supported on: 2017-03-24 - Director : J-C Palauqui, (INRA Versailles) - Supervisor(s) : A. Trubuil (MaIAGE), R. Carballido-Lopez (INRA, Micalis) - Team(s): BioSys

AUBERT Julie : Analyse statistique de données biologiques à haut débit - ED574 EDMH - Supported on: 2017-02-07 - Director : S. Schbath (MaIAGE) - Supervisor(s) : S. Robin (INRA, MIA-Paris) - Team(s): StatInfOmics

VALSAMOU Dialekti : Extraction d'information à partir d'articles scientifiques appliquée à la prédiction de régulations biologiques impliquées dans le développement de la graine chez A. Thaliana - ED580 STIC - Supported on: 2017-01-17 - Director : C. Nédellec (MaIAGE) - Team(s): Bibliome