Anciens.nes stagiaires


PROCOPE-MAMERT Sylvain
: Modélisation dépendante de données omiques temporelles à l'aides de modÚle de Markov Cachés - M2 - Université Paris-Dauphine / Ecole Normale Supérieure de Rennes : du au

Encadrant(s) : Maud Delattre, Guillaume Kon Kam King -
Equipe(s): Dynenvie /StatInfOmics

BAILLIE Nils
: Etude comparative de lois a priori bayésiennes pour la sélection de variables dans les modÚles non linéaires à effets mixtes - M1 - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Maud Delattre / Guillaume Kon-Kam-King -
Equipe(s): Dynenvie /StatInfOmics

GIRARD Nicolas
: Modélisation et estimation statistique pour l'analyse de la variabilité de la réponse au virus de la sharka chez l'abricotier. - M1 - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Maud Delattre / Estelle Kuhn -
Equipe(s): Dynenvie

TRAORE Mamadou B
: Effet des protiques et du paysage sur la co-occurence des maladies des cultures au sein des agro-écosystÚmes céréaliers - 3Úme année école ingénieur - Institut agro Dijon : du au

Encadrant(s) : Florence Carpentier -
Equipe(s): Dynenvie

VASQUEZ REINA Luis Antonio
: Classification automatique de documents pour la surveillance épidémiologique en santé végétale - M2 - Université du Pays Basque, Valence, Espagne / Université de Lorraine, Nancy : du au

Encadrant(s) : Robert Bossy -
Equipe(s): Bibliome

Lemonde Roman
: Allocation des ressources: aspects dynamiques - L3 - L3 au département de mathématiques de l'ENS-ULM (filliÚre Math/biologie) : du au

Encadrant(s) : Vicent Fromion -
Equipe(s): BioSys

GBABOUA Cassandra
: Identification des DGAT3 dans un set de génomes : du au

Encadrant(s) : Anne-Marie le Coq (IJPB), Gwenaëlle André -
Equipe(s): StatInfOmics

CARTIER Julie
: Inférence de réseaux multi-omiques - M2 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Gildas Mazo, Florence Jaffrézic -
Equipe(s): Dynenvie

LE-GUERN FIALLO Pablo
: Modélisation et analyse de spectres proche infra-rouge via des modÚles déformables pour la prédiction de phénotypes chez les plantes - master 2 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Tristan Mary-Huard, Renaud Rincent -
Equipe(s): Dynenvie

CAILLEBOTTE Antoine
: Modélisation jointe de données longitudinales et de survie en grande dimension. Application à la pyrale du maïs. - master 2 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Sarah Lemler, Judith Legrand, Elodie Marchadier -
Equipe(s): Dynenvie

COTTARD Emilie
: Molecular comprehension of the modularity in Two Components Systems in order to design new ones - M1 : du au

Encadrant(s) : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André and Pierre Nicolas -
Equipe(s): StatInfOmics

DESVILLES Aurélien
: Screening the Sec proteins in the core genome of the gut - M1 : du au

Encadrant(s) : Sylvain Marthey et Gwenaëlle André -
Equipe(s): StatInfOmics

MURARO Anthony
: Grands graphes alĂ©atoires spatialisĂ©s sous-jacents Ă  la propagation d’épidĂ©mies : estimation des paramĂštres et analyse de donnĂ©es - Master 2 MathĂ©matiques pour les Sciences du Vivant - UniversitĂ© Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Patrick Hoscheit, Estelle Kuhn, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

KUBASCH Madeleine
: Évaluation de la vulnĂ©rabilitĂ© Ă©pidĂ©miologique au sein d’un rĂ©seau d’échanges - Master 2 MathĂ©matiques et Applications - Sorbonne UniversitĂ© : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Vincent Bansaye (CMAP, Ecole Polytechnique) -
Equipe(s): Dynenvie

Marion Naveau
: Sélection de variables en grande dimension dans les modÚles non linéaires à effets mixtes. Application en amélioration des plantes. - M2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Maud Delattre, Laure Sansonnet -
Equipe(s): Dynenvie

DOEHLER Marianne
: Effet des pratiques et du paysage sur la concurrence des maladies des cultures au sein des agroécosystÚmes céréaliers. - M2 Amélioration, production, valorisation du végétal - AgroCampus Ouest De Rennes : du au

Encadrant(s) : Florence Carpentier, Anne-Lise Boixel -
Equipe(s): Dynenvie

Ouddah Ayoub
: Apprentissage, vidéaos, biologie - Master sciences, technologie, santé mention informatique - Université de la Sorbonne : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil -
Equipe(s): BioSys

Belaaroussi Yassine
: Classification progressive d’embryons par rĂ©seaux de neurones profonds - master 2 - UniversitĂ© Clermont Auvergne : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil,Patrick Bouthemy, Alline Paula Reis, Marine Poulain -
Equipe(s): BioSys

CAYATTE Mayeul
: Construction et analyse de sensibilitĂ© d’un modĂšle structurĂ© pour la propagation et le contrĂŽle de Covid-19 - Fin d'Ă©tude d'ingĂ©nieur - Ecole Polytechnique : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu; Co-encadrants : Vincent Bansaye, Olivier Le MaĂźtre (Ecole Polytechnique) -
Equipe(s): Dynenvie

MENDOZA Chloe
: ModĂ©lisation conjointe des diffĂ©rentes voies de transmission spatio-temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages. - 2Ăšme annĂ©e - INSA : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Simon Labarthe -
Equipe(s): Dynenvie

2023


Zhang Minghe
: Analyse de sensibilitĂ© pour un modĂšle de propagation de phĂ©romones d’insectes ravageurs - Master 2 - UniversitĂ© Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Thibault Malou, Simon Labarthe -
Equipe(s): Dynenvie

PIERRAT Paul
: Processus de Hawkes : application en épidémiologie végétale - M2 - Université de Lorraine : du au

Encadrant(s) : Katarzyna Adamczy, Madalina Deaconu -
Equipe(s): Dynenvie

Lehembre Thomas
: Modélisation multi-épidémique de la cooccurrence des maladies des blés : du au

Encadrant(s) : Florence Carpentier ; Elisabeta Vergu; Suzanne Touzeau (ISA) -
Equipe(s): Dynenvie

MAATOUK Rita
: Optimisation multi-critÚre et estimation en présence d'aléa. Application à la sélection de variétés multi-performantes en végétal en présence de variabilité environnementale - Master 1 - Université Paris Saclay Orsay : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Jean-Benoist Leger -
Equipe(s): Dynenvie

Nguyen Thanh-Julie
: Effect des insecticides sur les abeilles sauvages - 3A - Agroparistech : du au

Encadrant(s) : Florence Carpentier ; Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

DUMETZ Lucas
: Modélisation mathématique de l'horloge circadienne dans une population d'hépatocytes - M2 - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Laurent Tournier, Mathieu Mezache -
Equipe(s): BioSys

HAK Fiona
: DĂ©veloppement d’un pipeline d’analyse de donnĂ©es gĂ©nomiques pour la reconstruction des potentialitĂ©s mĂ©taboliques de bactĂ©ries pressenties pour jouer un rĂŽle dans la fermentation - Master 1 - UniversitĂ© Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : V. Loux, S. Schbath -
Equipe(s): Migale

CARREL-BILLIARD Louis
: Exploration d’une approche hologĂ©nomique pour prendre en compte le microbiote de l’hĂŽte - M2 - UniversitĂ© Aix-Marseille : du au

Encadrant(s) : Andrea Rau, Mahendra Mariadassou -
Equipe(s): StatInfOmics

LEGRAS Mia
: Identification of strain fluxes in a dairy food chain - Master 2 - Université Paris-cité : du au

Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King -
Equipe(s): StatInfOmics

MEYER EloĂŻse
: Quels dispositifs de mĂ©diation scientifique pour communiquer des rĂ©sultats de sĂ©quençage mĂ©tagĂ©nomique d’échantillons microbiens dans un projet de sciences participatives portant sur des aliments fermentĂ©s ? - Master 1 - UniversitĂ© de Bordeaux Montaigne : du au

Encadrant(s) : Romane Junker, HélÚne Chiapello, Florence Valence, Laurent Marché -
Equipe(s): StatInfOmics

CHANUT Max-Henri
: Développement d'une application shiny pour comparer l'empreinte environnemental de l'usage du verre et du plastique dans un laboratoire - L2 - Université canadienne : du au

Encadrant(s) : S. Schbath, C. Midoux, M. de Paepe -
Equipe(s): Migale

VIGO Elora
: Évolution de l'interface web d'Omnicrobe afin d'ordonner les donnĂ©es selon leur qualitĂ© - Master 1 - UniversitĂ© Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Louise Deléger, Sandra Dérozier -
Equipe(s): Bibliome /StatInfOmics

PETY SolĂšne
: DĂ©veloppement de mĂ©thodes pour la dĂ©tection de flux de souches et de gĂšnes Ă  partir de donnĂ©es mĂ©tagĂ©nomiques shotgun le long d’une chaĂźne de production alimentaire - Master 2 - UniversitĂ© de Rouen : du au

Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King -
Equipe(s): StatInfOmics

VATI InĂšs
: Utilisation de rĂ©seaux de neurones pour l’étude phylodynamique de modĂšles Ă©pidĂ©miologiques. - M1 - École des Ponts Paristech : du au

Encadrant(s) : Patrick Hoscheit -
Equipe(s): Dynenvie

2022


LE GUERN FIALLO Pablo
: Modélisation et analyse de spectre pour la prédiction de phénotypes chez les plantes - Master 2 - Université Paris Saclay Evry : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Tristan Mary-Huard, Renaud Rincent -
Equipe(s): Dynenvie

CAILLEBOTTE Antoine
: Modélisation jointe de données longitudinales et de survie en grande dimension - Master 2 - Université Paris Saclay Orsay : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Sarah Lemler (CentraleSupelec MICS), Judith Legrand, Elodie Marchadier (INRAE GQE Le Moulon) -
Equipe(s): Dynenvie

TEMTEM Anaghim
: Conception et dĂ©veloppement de pipelines bioinformatiques et biostatistiques pour la construction, l'enrichissement et la spĂ©cialisation d’un modĂšle d’une cellule de plante - Bac +6 - Institut national des sciences appliquĂ©e de de la technologie (Tunis) : du au

Encadrant(s) : Olivier Inizan @ Anne Goelzer -
Equipe(s): BioSys

LERAY Laurine
: Analyse de l'abondance de gÚnes marqueurs butyrate et propionate dans les cohortes métagénomiques liées à des dysbioses pathologiques - master2 - AgroParisTech : du au

Encadrant(s) : Thomas Lacroix, Claire Cherbuy -
Equipe(s): StatInfOmics

TOFFANO Antoine
: Analyse comparative de mĂ©thodes neuronales de normalisation d’entitĂ©s en domaine biologique - Master 1 - universitĂ© de Rennes 1 : du au

Encadrant(s) : Louise Deléger, Arnaud Ferré -
Equipe(s): Bibliome

ATIA Safiya
: Genoscapist - Ajout de fonctionnalités de personnalisation des éléments graphiques via l'interface utilisateur - Master 1 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin -
Equipe(s): StatInfOmics

BEGHIN Romane
: Genoscapist - Ajout de fonctionnalités de chargement de données à la volée - Master 1 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin -
Equipe(s): StatInfOmics

TEMPEZ Eliott
: Etude du gÚne codant la L-lactate déshydrogénase dans le pangénome de lactobacilles et analyse structurale et fonctionnelle de la protéine - Licence 2 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Romane JUNKER, Samantha SAMSON -
Equipe(s): StatInfOmics

2021


GUEDON Tom
: Procédures de test des composantes de la variance dans un modÚle mixte pour des échantillons de taille finie - master 2 - ENSAE : du au

Encadrant(s) : Kuhn Estelle ; Baey Charlotte (Université de Lille) -
Equipe(s): Dynenvie

MOLODIJ Victor
: Analyse de données pour la compréhension des Interactions dans des écosystÚmes microbiens complexes - M2 Mathématiques Appliquées aux Sciences du Vivant - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Christine KĂ©ribin, BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): Dynenvie

Imane Boualaoui
: Analyse phylodynamique de virus recombinants - Sorbonne Université : du au

Encadrant(s) : Patrick Hoscheit -
Equipe(s): Dynenvie

HATON Romain
: Analyse de données de composition de flores fromagÚres - Master1 de Mathématiques Appliquées - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Christine KĂ©ribin, BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): Dynenvie

JUNKER Romane
: CaractĂ©risation de la diversitĂ© gĂ©nomique et du contenu en gĂšnes d’intĂ©rĂȘt d’une collection de souches de lactobacilles. - Master2 AMI2B - UniversitĂ© Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : HĂ©lĂšne Chiapello, Michel-Yves Mistou -
Equipe(s): StatInfOmics

Godart Nathan
: Test de mĂ©thodes de reconstruction d’haplotypes de gĂšnes de rĂ©sistance aux antibiotiques prĂ©sents dans des donnĂ©es mĂ©tagĂ©nomique - L3 - UniversitĂ© de Poitiers : du au

Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Anne-Carmen Sanchez -
Equipe(s): StatInfOmics

LOPEZ Julien
: Voies métaboliques de dégradation de sucres complexes par les bactéries commensales et utilisation comme marqueurs de microbiotes sains et dysbiotiques - M2 Biodiversité Génomique et Environnement - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Thomas Lacroix, Claire Cherbuy -
Equipe(s): StatInfOmics

2020


AUGER Sandrine
: Analyse multiomique de l’impact des peptides d’extraits de levure sur la bactĂ©rie Streptococcus thermophilus - DiplĂŽme Universitaire en Bioinformatique IntĂ©grative (DUBii) - UniversitĂ© de Paris & IFB : du au

Encadrant(s) : H. Chiapello & V. Loux -
Equipe(s): Migale

REVEILLAUD Julie
: The Wolbachia mobilome in Culex mosquitoes - DiplÎme Universitaire en Bioinformatique Intégrative (DUBii) - Université de Paris & IFB : du au

Encadrant(s) : H. Chiapello & V. Loux -
Equipe(s): Migale

Onfroy Audrey
: Modélisation mécaniste de réseaux commerciaux d’animaux - Master 2 MathSV - UPS : du au

Encadrant(s) : Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

Lecomte Maxime
: Modeling a microbial community to improve organoleptic cheese quality - M2 - Université de Bordeaux (UB) : du au

Encadrant(s) : Simon Labarthe, Clémence Frioux -
Equipe(s): Dynenvie

Debbah Nagi
: Développement d'un workflow Snakemake pour la détection de pseudogÚnes - Master 1 - Université de Paris Diderot : du au

Encadrant(s) : Sandra DĂ©rozier, HĂ©lĂšne Chiapello -
Equipe(s): StatInfOmics

Trafny Théo
: Développement d'une Interface Graphique pour l'Annotation de Videos - DUT - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil, Alline Paula Reis -
Equipe(s): BioSys

Anne-Carmen Sanchez
: Analysis of microbial diversity in metagenomic datasets - Master 2 - Sorbonne université : du au

Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, HĂ©lĂšne Chiapello, Pierre Nicolas -
Equipe(s): StatInfOmics

Vincent Claire
: Mise au point d'une méthode d'analyse de données métagénomiques eucaryotes et application sur plusieurs écosystÚmes alimentaires - M2 - Muséum d'Histoire Naturelle : du au

Encadrant(s) : Olivier Rué -
Equipe(s): Migale

2019


AH-LONE Sam
: Mise en place d'une application permettant l'alignement de génomes complets bactériens - Master Biosciences, Bio-Informatique 2Úme année en apprentissage - Université de ROUEN Normandie : du au

Encadrant(s) : Sandra DĂ©rozier, HĂ©lĂšne Chiapello -
Equipe(s): Migale /StatInfOmics

BENOIST Joffrey
: Développement d'un pipeline pour la détection de pseudogÚnes - Master 1 - Master Bio-informatique/Bio-statistiques et MagistÚre de biologie, Université Paris Sud Orsay : du au

Encadrant(s) : C. Coluzzi, V. Loux et H. Chiapello -
Equipe(s): Migale /StatInfOmics

ECOTIERE Claire
: Estimation des paramÚtres pour un modÚle de dynamique de croissance du maïs - Master 2 mathématiques et applications - mathématiques pour les Sciences du vivant - Ecole polytechnique- Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche, B. Andieu -
Equipe(s): Dynenvie

KOUYE Henri Mermoz
: Analyse de sensibilité pour modeles stochastiques - M2 MathSV - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Gildas Mazo, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

MOLODIJ Victor
: Modélisation de l'hétérogénéité de transmission d'un pathogÚne dans une population due aux interactions entre le pathogÚne, l'hÎte et son microbiote - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud - Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): Dynenvie

TANNEUR IrĂšne
: ContrÎle du taux de mutation spontanée dans la bactérie Bacillus subtilis - 5e année - INSA Lyon : du au

Encadrant(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE), Matthieu Jules (MICALIS) -
Equipe(s): StatInfOmics

TORELINO Krystel
: ModĂ©lisation du comportement du virus de la sharka chez l’abricotier sauvage dans le cadre d’études de gĂ©nĂ©tique d’association gĂ©notype/phĂ©notype - Master 2 MathĂ©matiques et Applications - SpĂ©cialitĂ© IngĂ©nierie MathĂ©matique et Biostatistique - UniversitĂ© Paris Descartes : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn, VĂ©ronique Decroocq (UMR BFR INRA, Bordeaux) -
Equipe(s): Dynenvie

EL DJOUDI Yassin
: Etude des polymorphismes intraspécifiques des espÚces majoritaires du microbiote intestinal à partir de génomes séquencés - L3 sciences de la vie parcours bio-informatique - Université de Poitiers : du au

Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, HĂ©lĂšne Chiapello, Pierre Nicolas -
Equipe(s): StatInfOmics

GHOUL Amina
: Etude de la distribution de longueurs des lectures produites par les technologies de séquençage de 3Úme génération - Master 1 Mathématiques et interactions - Université d'Evry Val d'Essonne : du au

Encadrant(s) : Jean-François Gibrat -
Equipe(s): StatInfOmics

GHOULI Zakia
: Interface graphique pour l'annotation de films en biologie du développement - DUT informatique 2Úme année - Université Paris Sud - Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil -
Equipe(s): BioSys

NGUYEN-PHAM Khanh-Chi
: La caractĂ©risation molĂ©culaire de l’interaction Mfd -Mutation frequency decline et facteur de virulence- avec sa partenaire UvrA, deux protĂ©ines bactĂ©riennes. - M1 bioinformatique - UniversitĂ© Paris-Diderot : du au

Encadrant(s) : Gwenaelle Andre-Leroux -
Equipe(s): StatInfOmics

PAULAY Amandine
: Modélisation de la dégradation des protéines par le microbiote intestinal humain - Master 2 Génomique et Environnement - Université Paris-Saclay : du au

Encadrant(s) : Beatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe -
Equipe(s): Dynenvie

PINSARD Etienne
: Grands graphes aléatoires : simulation et analyse de données pour l'étude d'épidémies - Master 2 systÚmes complexes - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

SOUILLOT Mathilde
: Modélisation et estimation de l'effet du paysage sur la densité et la diversité d'espÚces - M2 - AGROCAMPUS Ouest, Rennes : du au

Encadrant(s) : Florence Carpentier, Katarzyna Adamczyk -
Equipe(s): Dynenvie

ECOTIERE Claire
: Estimation de paramÚtres pour un modÚle de dynamique de croissance du maïs - Master 2 Mathématiques et Applications - Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Ecole Polytechnique : du au

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): Dynenvie

2018


BEN SAMIR InĂšs
: Visual representation of resource allocation in living cells - Final project (informatics engineer) - Institut Supérieur des Sciences Appliquées et de Technologie de Sousse : du au

Encadrant(s) : Wolfram Liebermeister -
Equipe(s): BioSys

MESSOUDI Soundouss
: Utilisation de méthodes d'apprentissage pour la prédiction de viabilité d'embryons bovins à partir de films révélant le développement précoce des embryons - Master 2 Informatique des Organisations - Informatique. SystÚmes Intelligents - Université Paris Dauphine : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil, Alline Paula-Reis -
Equipe(s): BioSys

BRANGER Maxime
: Génomique évolutive des souches de Mycobacterium bovis en France depuis 1978. Séquençage et assemblage d'un génome de référence français de Mycobacterium bovis - Licence professionelle génomique - CNAM - ENCPB : du au

Encadrant(s) : Valentin Loux -
Equipe(s): Migale

CHERAL Alann
: InfĂ©rence par des modĂšles Ă  effets mixtes d’un modĂšle de rĂ©ponse fonctionnelle en Ă©cologie - M1 MathĂ©matiques AppliquĂ©es - UniversitĂ© Paris Saclay (Univ. Orsay) : du au

Encadrant(s) : Maud Delattre ; Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

LASGUIGNES Emilien
: Allocations des ressources pour les souches de Streptomyces productrices d'antibiotiques - M2 BioInfo - Université Touloiuse III -Paul Sabatier : du au
Equipe(s): BioSys

NAKHLA Rochd
: ModĂ©lisation conjointe des diffĂ©rentes voies de transmission spatio- temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages - M2 - Master ModĂ©lisation et Simulation, ENSTA Paristech : du au

Encadrant(s) : Simon Labarthe, BĂ©atrice Laroche, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

NAKHLA Rochd
: ModĂ©lisation conjointe des diffĂ©rentes voies de transmission spatio- temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages - M2 - Master ModĂ©lisation et Simulation, ENSTA Paristech : du au

Encadrant(s) : Simon Labarthe, BĂ©atrice Laroche, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

PAME KĂ©vin
: Clustering auto-organisé dans un grand réseau dynamique - M2 Ingénierie Mathématique pour les Sciences du Vivant - Université Paris 5 : du au

Encadrant(s) : Madalina Olteanu, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

HARDY Clément
: Exploration des Méthodes d'analyse de données compositionnelles pour l'étude du lien entre microbiote instestinal et santé - Master 1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland -
Equipe(s): StatInfOmics

BANKOLE Alexia
: Programmation d’un outil de construction de matrices d’occurrences de gĂšnes dans des populations de gĂ©nomes microbiens - L3 en double licence Sciences de la vie et informatique - UniversitĂ© Paris Saclay - UniversitĂ© Evry : du au

Encadrant(s) : HĂ©lĂšne Chiapello, Olivier Inizan -
Equipe(s): StatInfOmics

CHAPUT Maxime
: Structure du microbiote intestinal relativement aux fonctions impactant la cholesterolĂ©mie de l’hĂŽte - M2 - Master Bioinformatique Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Simon Labarthe, Moez Rhimi (Micalis) -
Equipe(s): Dynenvie

DE MURAT Daniel
: Etude comparative d’outils d’analyses de donnĂ©es de sĂ©quençage mĂ©tagĂ©nomiques - Master 1 de bioinformatique - UniversitĂ© Paris 7 : du au

Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Olivier Rué -
Equipe(s): Migale /StatInfOmics

SAMSON Samantha
: Identification des homologues structuraux de PknB chez S. thermophilus. Validation in vitro. - Master 1 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : du au

Encadrant(s) : Véronqiue Monnet (MICALIS) et Gwenaëlle André-Leroux -
Equipe(s): StatInfOmics

ALBERT SolĂšne
: Caractérisation in silico de la structure/fonction/pathogénie de Mfd -Mutation frequency decline- chez diverses souches de B. cereus. Validation in vitro. - Master 2 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : du au

Encadrant(s) : Nalini RamaRao (MICALIS) ; Gwenaëlle André-Leroux -
Equipe(s): StatInfOmics

LAYAN Maylis
: Induction and mitigation of durable dysbiosis in the gut ecosystem - M2 - ENS Cachan : du au

Encadrant(s) : Maarten Van de Guchte, BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): Dynenvie

DUBUS Nuno
: Etude de la transition florale du maĂŻs - L2 Biologie - Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade -
Equipe(s): Dynenvie

DENOEUD Alexis
: Caractérisation structurale in silico de FstA de Streptococcus thermophilus - Licence L3 - Faculté des Sciences d'Orsay - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Gwenaëlle André-LerouxGwenaëlle André-Leroux -
Equipe(s): StatInfOmics

2017


BELGHITI Mounia
: Modélisation prédictive du développemen embryonnaire in vitro et automatisation de l'analyse d'images - Master 2 - Université de Strasbourg : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil (MaIAGE, INRA), Alline de Paula Reis (ENVA/BDR) -
Equipe(s): BioSys

BRAUNE Arthur
: Evaluation de l'impact de mélanges de bactéries nageuses sur la diffusion-réaction au sein d'un biofilm - M1 - Centrale Lille : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil, Simon Labarthe, BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): BioSys

DAOUDA OUMOU SALAMA Abdourahim
: Modélisation et estimation du phyllochrone du maïs. Etude des effets du génotype et de l'environnement - Master 1 - Institut de Statistique de l'Université Pierre et Marie Curie (ISUP) : du au

Encadrant(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade -
Equipe(s): StatInfOmics

OODALLY Ajmal
: Estimation dans un modÚle de fragilité à partir d'une vraisemblance partielle - Master 2 - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Estelle Kuhn (MaIAGE) -
Equipe(s): Dynenvie

SOLDATKINA Oleksandra
: Inférence de modÚles d'interactions en écologie microbienne: application aux bactéries du microbiote intestinal - Master 2 - Université Paris Saclay - Orsay : du au

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche -
Equipe(s): Dynenvie

XIE Hengjia
: Analyse statistique des changements métaboliques suite à une perturbation chez la chÚvre - M2 - Université Paris-Descartes : du au

Encadrant(s) : Masoomeh Taghipoor, Sandra Plancade, CĂ©line Domange -
Equipe(s): StatInfOmics

ANTHONY Eric
: Adaptation, mise en Ɠuvre et comparaison d’algorithmes de recherche de centralitĂ© des nƓuds dans des graphes temporellement dynamique - M2 Bioinformatique - UniversitĂ© Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

MATRAS Cassandre
: DĂ©finition d'une typologie des Ă©changes d'animaux en Ă©levages bovins - Master 1 - AgroSup Dijon : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE), Aurélie Courcoul (ANSES) -
Equipe(s): Dynenvie

NARCI Romain
: Inférence par des processus de diffusion des paramÚtres clés des dynamiques épidémiques partiellement observées - M2 MathSV - Université Paris Saclay : du au

Encadrant(s) : Maud Delattre, Catherine Larédo, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

YAGDJIAN Armen
: ModĂ©lisation de dynamiques d’interactions spatiales en biologie cellulaire Ă  partir de trajectoires 3D+temps mesurĂ©es en microscopie - M1 - UniversitĂ© Paris Saclay - Orsay : du au

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche ; Simon Labarthe ; Alain Trubuil -
Equipe(s): BioSys /Dynenvie

AH-LONE Sam
: Evaluation des outils d'alignement de génomes complets bactériens publiés et disponibles (avantages/limites) - Master Biosciences, Bio-Informatique 1Úre année - Université de ROUEN Normandie : du au

Encadrant(s) : Sandra DĂ©rozier -
Equipe(s): Migale

GIGUELAY Ambre
: Analyse des données du réseau de mouvements commerciaux de bovins en France - M1 - AgroParisTech : du au

Encadrant(s) : Gaël Beaunée; Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

EL-KHIARI Slim
: GĂ©nomique comparĂ©e et reconstruction de voies mĂ©taboliques pour le dĂ©veloppement d’un milieu de culture sĂ©lectif de Enterococcus cecorum - M2 Analyse des gĂ©nomes - UniversitĂ© UPMC/Institut Pasteur : du au

Encadrant(s) : Valentin Loux (MaIAGE), Pascale Serror (Micalis) -
Equipe(s): Migale

LAO Julie
: Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystÚmes microbiens à partir de données métagénomiques - Master Bioinformatique - Université Paris Diderot : du au

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath -
Equipe(s): StatInfOmics

2016


DARRIGADE LĂ©o
: Modélisation du microbiote intestinal - Master 2 - Universite Paris-Saclay (Paris Sud et AgroPariTech) : du au

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche, Simon Labarthe -
Equipe(s): Dynenvie

FROUIN Arthur
: ModÚle de recombinaison dépendente de la distance phylogénétique - M2 Ingéniérie Statistique et Génome - UPSay : du au

Encadrant(s) : Pierre NICOLAS -
Equipe(s): StatInfOmics

JANICOT Stéphane
: ModĂ©lisation statistique de l’évolution temporelle d’un rĂ©seau de commerce : application aux mouvements commerciaux de bovins - Master 2 - UniversitĂ© : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Benoßt Durand (Laboratoire Santé Animale, ANSES Maisons-Alfort) -
Equipe(s): Dynenvie

RASENDRA Marie-Ange
: Modélisation de la diffusion dans un biofilm - M1 - Ecole Centrale Marseille : du au

Encadrant(s) : Simon Labarthe, BĂ©atrice Laroche, Alain Trubuil -
Equipe(s): Dynenvie

GARNAULT Maxime
: Durabilité des fongicides - Stage de Master 2 - AgroParitech : du au

Encadrant(s) : Olivier David, Florence Carpentier, Anne-Sophie Walker (INRA Grignon) -
Equipe(s): Dynenvie

NARCI Romain
: Analyse de sensibilité et méta-modélisation, par simulation, de modÚles à sorties spatiales et dynamiques. Application en agronomie. - Master 1 - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Hervé Monod, Caroline Bidot -
Equipe(s): Dynenvie

NGUYEN Thi-phuong-lien
: Update of GPCR automodel - Master 2 pro - Université d'Aix MArseille : du au

Encadrant(s) : Gwenaëlle André-Leroux -
Equipe(s): StatInfOmics

STRAFELLA LoĂŻc
: Simulateur de paroi bactérienne - Master 2 - Université Rennes 1 : du au

Encadrant(s) : Marc Dinh, Pierre Flores, Vincent Fromion -
Equipe(s): BioSys

CHAPUIS Emile
: Etude d'un jeu de données méta-protéomiques - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Sandra Plancade, Sylvie Huet -
Equipe(s): StatInfOmics

KAMARI Halaleh
: Analyse de sensibilité, construction de méta-modÚles basée sur les espaces RKHS et application à la modélisation du pH du lait cru - Master 2 - Université Paris Saclay et Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Sylvie Huet, Marie-Luce Taupin -
Equipe(s): Dynenvie

LADMIRAL Charles
: Modélisation de l'évolution des populations d'un programme de sélection décentralisée et participative sur le blé - Master "Analyse numérique et équations aux dérivées partielles". - Ecole Nationale des Ponts et Chaussées - PariTech : du au

Encadrant(s) : Olivier David -
Equipe(s): Dynenvie

MONTAGNON Pierre
: ModÚles de dynamiques de populations pour réseaux dynamiques - Master 2 probabilités et ModÚles Aléatoires - Université Paris 6-7 : du au

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu, Vincent Bansaye (CMAP Ecole Polytechnique) -
Equipe(s): Dynenvie

CHARPIGNY Noé
: Prise en main de MATLAB. Etude d'une bibliothĂšque de fonctions sur les graphes. Programmation d'un algorithme de partitionnement de volume. Application Ă  la division cellulaire - BAC +3 - Ecole Centrale de Lille : du au

Encadrant(s) : Alain Trubuil -
Equipe(s): BioSys

DEDECKER Anatole
: Stagiaire de 3Ăšme - CollĂšge - CollĂšge Evariste Galois : du au

Encadrant(s) : Eric Monvert -
Equipe(s): LogInf

2015


MERMER Feyza
: Stage M1 : Analyse bayésienne des données d'un projet de sélection décentralisée et participative sur le blé tendre - M1 Ingénierie Mathématique - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : O. David (MaIAGE), I. Goldringer et P. RiviĂšre (INRA Moulon) -
Equipe(s): Dynenvie

PATERNINA Janio
: Caractérisation in silico du récepteur olfactif PSGR - M1 BSSM - Génie Physiologique, Biotechnologique Informatique - Université de Poitiers : du au

Encadrant(s) : Gwenaëlle André-Leroux -
Equipe(s): StatInfOmics

SHI Xiaohan
: Modélisation et estimation de l'abondance d'hippocampes sur le bassin d'Arcachon et l'étang de Thau en fonction de l'habitat - Master 2 Mathématiques appliquées - Ecole Polytechnique : du au

Encadrant(s) : Sylvie Huet -
Equipe(s): StatInfOmics

TOMASEVIC Milica
: Analyse de sensibilité et méta-modélisation par simulation, de modÚles à sorties spatiales et dynamiques - Application en Agronomie - Master 2 Mathématiques - Université de Nice : du au

Encadrant(s) : Sylvie Huet, Marie-Luce Taupin -
Equipe(s): Dynenvie

REZGUI Imane
: Collaboration avec l'Université de Mentouri à Constantine en Algérie - Etudiante en thÚse - Université de Constantine : du au

Encadrant(s) : Hervé Monod (MaIAGE) -
Equipe(s): Dynenvie

2014


PEILLET Stéphane
: Intégration d'outils et de workflows dans Galaxy : contrÎle qualité et amélioration de la reproductibilité - Master 2 CI - ESME SUDRIA : du au

Encadrant(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux, Franck Samson -
Equipe(s): Migale /StatInfOmics

BASTIDE Paul
: Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies - Master 2: Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Université Paris Sud : du au

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin -
Equipe(s): StatInfOmics

GEERAERT SĂ©bastien
: Construction et implĂ©mentation d’un modĂšle d’épidĂ©miologie Ă©conomique fondĂ© sur des rĂ©seaux dynamiques et adaptatifs - 3Ăšme annĂ©e (M1) - Ecole Polytechnique : du au

Encadrant(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

GEERAERT SĂ©bastien
: Construction et implĂ©mentation d’un modĂšle d’épidĂ©miologie Ă©conomique fondĂ© sur des rĂ©seaux dynamiques et adaptatifs - 3Ăšme annĂ©e (M1) - Ecole Polytechnique : du au

Encadrant(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Equipe(s): Dynenvie

PRIVAT Martin
: Logiques cis-régulatrices dans le développement du cerveau moyen - Licence 3 - ENS - Lyon : du au

Encadrant(s) : Pierre Nicolas, Sophie Schbath -
Equipe(s): StatInfOmics

2013


GUARRACINO Yann
: Implémentation de workflows ngs dans un environnement galaxy - Master 1 : Biologie - Informatique - Université Paris Diderot - Paris7 : du au

Encadrant(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux -
Equipe(s): Migale /StatInfOmics

2012


PAIN Adrien
: Typage Bactérien basé sur le pan-génome - Master 2 - Université Paris Diderot : du au

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe BessiĂšres -
Equipe(s): StatInfOmics

BEN HASSINE Najla
: Etude de l'influence du microbiote intestinal sur l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien dans le cas du stress aigu chez le rat par des approches : protéomique, transcriptomique et bioinformatique - Master 2 Génomique et Post Génomique Spécialité Génie Biologique et Informatique - Université d'Evry Val d'Essonne : du au

Encadrant(s) : Sandra Derozier, Franck Samson -
Equipe(s): Migale

BLIN Camille
: Étude de la diversitĂ© gĂ©nĂ©tique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriĂ©tĂ©s probiotiques - Master Biosciences - ENS Lyon : du au

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe BessiĂšres -
Equipe(s): StatInfOmics

REBOUL Guillaume
: Implémentation et mise en place d'un Genome Browser pour la truite arc-en-ciel - DUT Génie biologique, option Bio-informatique - IUT Aurillac : du au

Encadrant(s) : Sandra Derozier -
Equipe(s): Migale