Une matinée de présentations scientifiques sur l'articulation de données omiques, de modèles et d'expérimentations en écologie microbienne

BioNLP Open Shared Tasks is organized to promote the sharing of computational tasks of biomedical text mining and also solutions to them. Here sharing a task means sharing benchmark datasets and evaluation systems. It is a continuation of the previous efforts organized around the BioNLP Shared Task (BioNLP-ST) workshop series (2009, 2011, 2013, 2016).

L'objectif du séminaire est d'offrir une opportunité aux jeunes statisticiens de divers pays de se rencontrer et de présenter leurs travaux lors d'un meeting international. Son programme s'articule autour de deux cours dispensés par des chercheurs de renommée mondiale, présentant des méthodes de statistiques mathématiques ou plus généralement de mathématiques appliquées, en relation avec des applications. En 2019 les conférenciers invités sont Sébastien Bubeck et Peter Bühlmann

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.

This workshop on modeling cells and cell communities addresses technical challenges characteristic of complex and modular cell models. The presentations will describe whole-cell models encompassing metabolism, protein expression, and other cellular subsystems, as well as multi-cell models describing tissues or microbial communities. In the practical part of the workshop, we explored automated model construction, submodel coupling, and possible uses of SBML in setting up heterogeneous cell models. In particular, we discussed the usage of the SBML “comp” package to couple dynamic and stoichiometric models, and novel XML and SBML file formats for Resource Balance Analysis models.

Galaxy Community Conferences are an opportunity to participate in presentations, discussions, demos, poster sessions, lightning talks and birds-of-a-feather gatherings, all about high-throughput biology and the tools that support it.  GCC2017 will include keynote talks and exhibitors, and plenty of networking opportunities. There are also three days of pre-conference activities, including hackathons and training. If you work in data-intensive biomedical research, there is no better place than GCC2017 to present your work and to learn from others.

L'objectif du séminaire est d'offrir une opportunité aux jeunes statisticiens de divers pays de se rencontrer et de présenter leurs travaux lors d'un meeting international. Son programme s'articule autour de deux cours dispensés par des chercheurs de renommée mondiale, présentant des méthodes de statistiques mathématiques ou plus généralement de mathématiques appliquées, en relation avec des applications. En 2017 les conérenciers invités sont Franis Bach pour un cours intitulé "Large-scale machine learning and convex optimization" et Andréa Montanari pour un cours intitulé "Statistics with matrices, graphs, and tensors".

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.

Les objectifs de l'École-Chercheurs sont de (1) s’approprier les concepts d’écologie et plus particulièrement d’écologie microbienne et les partager grâce à un vocabulaire commun, (2) d'optimiser l’exploitation des données massives hétérogènes et proposer des approches d’analyse génériques et enfin (3) stimuler l’émergence de nouveaux projets transdisciplinaires.

BioNLP Shared Task is a series of Shared Task in Information Extraction from text in Biology. We contribute to the general organisation and to the organization of specific tasks on gene regulation in bacteria (LLL, BI, GRN) and plant (GRNA) and bacteria habitats (Bacteria Biotope tasks). 

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.

L'objectif de cette école est de former des ingénieurs en bioinformatique à l'installation, la configuration du portail Galaxy ainsi qu'à la construction d'interfaces. La dernière journée sera consacrée à des aspects plus avancés comme l'automatisation des traitements et l'installation facilitée d'outils. 

L'objectif du séminaire est d'offrir une opportunité aux jeunes statisticiens de divers pays de se rencontrer et de présenter leurs travaux lors d'un meeting international. Son programme s'articule autour de deux cours dispensés par des chercheurs de renommée mondiale, présentant des méthodes de statistiques mathématiques ou plus généralement de mathématiques appliquées, en relation avec des applications. Two short courses given by Ery Arias-Castro (San Diego) and Emmanuel Candes (Stanford University)

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.

13ème édition de la conférence annuelle européenne de bioinformatique

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.

Dans les sciences de l'environnement, mais également dans divers domaines de l'ingénierie, de nombreux codes de calcul dépendent d'un grand nombre de paramètres et de variables d'entrées. L'école ASPEN a pour objectif d'exposer les méthodes les plus récentes pour la propagation d'incertitudes, l'analyse de sensibilité et l'exploration numérique de ces codes et des modèles asssociés.

Suite à l'école chercheur BioBayes (organisée en novembre 2011 à La Rochelle et renouvelée en octobre 2013 à Mandelieu) par un collectif de l'Inra, le projet d'un livre associé a émergé sous la coordination d'Eric Parent. Le titre projeté en est :

Initiation à la statistique bayésienne :

Bases théoriques et applications en alimentation, environnement, épidémiologie et génétique.

Les auteurs en sont Isabelle Albert, Sophie Ancelet, Olivier David, Jean-Baptiste Denis, David Makowski, Éric Parent, Andrea Rau et Samuel Soubeyrand. Sont mis à disposition les données, les scripts R, les codes BUGS utilisés dans les exemples et les figures de l'ouvrage.